1934年に一高を卒業後、
東京帝国大学法学部入学。「
講座派」の思想に影響を受ける。在学中に懸賞論文のために執筆した論文「政治学に於ける国家の概念」が認められて
助手となる(この論文は『戦中と戦後の間』に収められている)。
1937年卒業。本来はヨーロッパ政治思想史を研究したかったが、日本政治思想史の研究を開始した。当時、日本政治思想史といえば
皇国史観に基づくものが多かったが、丸山は学問としての科学的視点から研究しようと志した。日本政治思想史研究を薦めたのは指導教授である
南原繁だった。南原は皇国史観に対して批判的であったが、自身が
ヨーロッパ思想史研究者であり、皇国史観に反論をしうる学問的素地を持たなかったことから、丸山に後事を託したとされている。
1944年、30歳の時に、
東京帝国大学法学部助教授でありながら、
陸軍二等兵として教育召集を受けた。一期下からはが作られ、理系は召集せず、年齢的に助教授クラスが該当し、他の助教授が丙種で丸山だけ第三乙種だった。大卒者は召集後でも
幹部候補生に志願すれば
将校になる道が開かれていたが、「
軍隊に加わったのは自己の意思ではない」と二等兵のまま
朝鮮半島の
平壌へ送られた。その後、
脚気のため
除隊になり、
東京に戻った。4ヶ月後の
1945年3月に再召集を受け、
広島宇品の
陸軍船舶司令部へ二等兵として配属された。8月6日、司令部から5キロメートルの地点に
原子爆弾が投下され、
被爆。
1945年8月15日に敗戦を迎え、
9月に
復員した
[苅部直『丸山眞男――リベラリストの肖像』岩波新書、107-108頁、111-112頁。]。「上官の意向をうかがう軍隊生活は『御殿女優』のようだった」と座談会で述べたことがある。この経験が、戦後、「自立した個人」を目指す丸山の思想を生んだ
[小熊英二『民主と愛国』P.55]。
戦後大学に戻り、
1946年、「
世界」5月号に『超国家主義の論理と心理』を発表。戦前日本の
軍国主義や
ファシズムに関する一連の論考は、論壇のみならず広く敗戦後の日本人に衝撃を与えた。以後、
戦後民主主義思想の展開において、指導的役割を果たす。戦前の
天皇制を「無責任の体系」という言葉で表現したことは有名。また、
サンフランシスコ平和条約をめぐる論争では「平和問題談話会」の中心人物として、
1960年の
安保闘争を支持する知識人として、アカデミズムの領域を越えて戦後民主主義のオピニオン・リーダーとして発言を行い、大きな影響を与えた。アカデミズムと
ジャーナリズムを架橋したとも評されたが、後年、本人は現実政治の分析を「夜店」、日本政治思想史の研究を「本店」と称したこともある。