しかし、所在地の阿賀町は
過疎化が進んでおり、生徒数が急速に減少している。高校生に関しては
五泉市や
新潟市へ
磐越西線や
高速バスを利用して通学する生徒も多い。そもそも津川高校が中高一貫校に再編された理由の一つに、高校生の町外流出を食い止めるという目的があったが、流出には歯止めが掛かっていない。
2008年4月に町内の上川中学校と鹿瀬中学校が閉校し、本校に隣接する津川中学校に統合され阿賀津川中学校と改称された(三川中学校も数年以内に統合予定であり、これにより町立中学校は1校となる)。今後は町外の生徒を確保することが重要な課題となる。また併設型一貫校の弊害として、中学から在籍している生徒と、高校課程から入学した生徒との間に著しい
学力格差が生じている事も問題となっている。