福岡県内の高等学校再編の一環として門司区内の
門司高等学校と
門司北高等学校を統合し、両校の校地・校舎・施設を転用して併設型公立
中高一貫校を新設する方針が打ち出され、前期中等教育を行う学校としてまず
2004年(平成16年)4月、門司北高校に同居する形で本校が開校した。そして本校第1期生が卒業する
2007年(平成19年)4月に後期中等教育を行う学校として、門司高校に同居する形で
福岡県立門司学園高等学校が開校している。なお門司北高校はすでに募集停止となっており、全生徒が卒業する2009年(平成21年)3月末に閉校される予定。校地・校舎・施設などは門司北高等学校が閉校になるまで同校と共用し、同校閉校後に引き継ぐ。